Сисадмину надо придерживаться четких правил в апгрейде и установке нового ПО, если он не хочет нажить себе неприятностей.
1. Установка или апгрейд из бинарных пакетов репозитария дистрибутива.
2. Установка или апгрейд копиляцией исходного кода пакетов из репозитария дистрибутива.
3 (опционально). Установка или апгрейд из бинарных пакетов сторонних репозитариев
4 (опционально). Установка или апгрейд копиляцией исходного кода пакетов из сторонних репозитариев.
5. Установка или апгрейд из бинарных версий программных продуктов
6. Установка или апгрейд копиляцией исходного кода программных продуктов
Вот так, последовательно, от первого пункта до последнего. Если очередной пункт удачен - на этом останавливаемся, неудачен - идем к следующему. 3-4 пункты применяются, если существует какой-то близкий к Вашему дистрибутив, еще лучше - с единой кодовой базой.
Компиляция пакета - это не кувалда. Пакет - он для данной системы подготовлен, зависимости учтены, библиотеки в системе гарантированно присутствуют. Поэтому компиляция пакета, о которой Вы говорите, -
это второй пункт, когда скомпилированного бинарника нет или он не устраивает по тем или иным причинам.
Кувалда - это шестой пункт. Применяется либо в экспериментальных целях, либо для нового (новых версий) ПО, либо для нестандартного ПО, которое в дистрибутивы не включено.
Но все это имеет отношение к сисадмину, а не к программисту. Последний по роду деятельности только ломом и кувалдой работает, имеет накачанные мышцы, благодаря чему с легкостью решает задачи, перед которыми пасует сисадмин